松山高吉文庫
本学院元教師松山高吉の蔵書約500冊を所蔵しています。
幕末明治初期の神道・国学・儒学およびキリスト教関係和書・漢籍のほか、
聖書翻訳関係並びに讃美歌原稿などの文書が含まれています。
溝口靖夫文庫
本学元学長溝口靖夫の蔵書約９５０冊を所蔵しています。
宗教社会学（特にキリスト教）に関する図書が多く含まれています。
S.L.Gulick Library （ギューリック・ライブラリー）
米国伝道会派遣宣教師 Sidney L.Gulickの蔵書約4200冊を所蔵しています。
プロテスタント東洋布教史関係資料（1517年～1920年）が含まれています。
Allchin Collection (オルチン文庫）
米国伝道会派遣宣教師George Allchinの蔵書で明治初期讃美歌および原稿・写本・
刊本など日本讃美歌史資料115点を所蔵しています。
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